宇宙にうかぶアイドル劇場・ネオユニバスシアターは、突如何者かによる襲撃を受ける。
危機にさらされたアイドルたちは劇場内に秘匿されていた巨大航宙艦・ミリヴァイアスに乗り込み脱出するのだった…

・永吉昴治：人付き合いが上手な、典型的"いい子"だが、妹の美希との仲はうまくいっておらずことあるごとにぶん殴られる。ロストグラウンドでもコズミックイラでも暴力を振るわれる。
・永吉美希：過去のある出来事がきっかけで姉を嫌悪している昴治の妹で、アルター・シェルアフゥリットの使い手でもある。母の名前は律子。
・中谷イクミ：成績優秀で人望も厚い優等生。しかし過去にとある闇を抱えており、あるきっかけから暴走していくことになる。
・朋花・S・天空橋：一見するとただの清楚なお嬢様だが強いカリスマ性を備えており、聖母として徐々に艦内での勢力を広げていく。
・エアDズ・ブルー：チーム・シンフォニーブルーをまとめるリーダー。寡黙だが統率力や体術にも長ける。
・ネーヤフェルト：ミリヴァイアス内で度々姿を現す謎の少女。すべてが秘密に包まれているが、その正体は…？
・P：弟子がつくほど有能な人物だが、艦内ではいつも裸に赤いネクタイを着用している。